Perinteisen kävijäseurantaan perustuvan analytiikan sijasta Matomo tarjoaa myös ”Tag Manager”-toiminnon, jonka avulla voidaan luoda mukautettuja seurantoja seurattavilta verkkosivuilta. Toiminnon avulla voidaan hallita seuranta- ja markkinointitageja, kuten JavaScript- tai HTML-koodia, joiden avulla voidaan integroida erilaisia ominaisuuksia seurattavaan sivustoon. Tagien avulla voidaan seurata esimerkiksi:
Tageille voidaan asettaa myös laukaisuehtoja, jolloin tagi suoritetaan sivulla vain tietyissä tilanteissa. Muuttujien avulla voidaan hakea ja tallentaa, sekä myöhemmin käyttää haluttuja tietoja verkkosivustolta.
”Tag Manager”-toiminnon avulla verkkosivusto on muokattavissa ilman muutoksien tekemistä sivuston lähdekoodiin. Myös kolmansien osapuolien tagien sisällyttäminen, hallitseminen ja valvominen onnistuu tämän avulla.